《MOON.》在故事的后期简直是一团糟，基本让前面苦心建造出来的良好架构毁于一旦。大量的伏笔被以极其随便的方式解决掉了，甚至有些伏笔干脆就那样放置了。神秘的少年就那样莫名其妙地挂掉，玩家陪着女主辛辛苦苦下了几十层楼梯，却只能在一大片不明所以的花田里迎来悲剧。面对最后那个不知道是什么东西的“月”，编剧竟然还释放了一大段不明觉厉的毒电波，最后主角脱身的方式也是逼人吐槽。莫名其妙地消失了很久的鹿沼叶子在结尾再度出现，并且同主角展开最终决战，却也只是做做样子就握手言和，完全没有交待这些日子里她都去了哪里。整部游戏给人的感觉，就好像是编剧们在一开始兴致勃勃，写到最后却没了干劲，于是应付了事地弄了个结尾。

《MOON.》所要讲述的主题其实还是键系一派们所乐衷的“家族”，虽然其中似乎还夹杂了一些关于“接受真实的自我”的内容。不过说实在话，这部游戏里的家族，着实没有他们后来所描述的那些家族那样令人向往。可是《MOON.》里的人们，从家人那里得到的东西，反而是痛苦比较多，幸福比较少，这样也太致郁了。